Engenharia genética/Desenho dos primers
Objetivo
[editar | editar código-fonte]Conhecer o Vetor pUG35
[editar | editar código-fonte]Encontrar a sequência nucleotídica do vetor pUG35
[editar | editar código-fonte]- Entrar em Entrez, The Life Sciences Search Engine e seleccionar CoreNucleotide.
- Pesquisar "pUG35" e clicar no link “AF298787”.
- O ficheiro então apresentado assenta na seguinte estrutura:
LOCUS: AF298787 6231 bp DNA circular SYN 26-NOV-2000 (Nome curto para esta sequência).
DEFINITION: C-terminal GFP fusion vector pUG35, complete sequence (Definição da sequência).
ACCESSION: AF298787 (Número de acesso de entrada).
VERSION: AF298787.1 GI:11344888 (Versão de entrada).
KEYWORDS: (Palavras-chave da entrada).
SOURCE: C-terminal GFP fusion vector pUG35.
ORGANISM: C-terminal GFP fusion vector pUG35 (O organismo a partir do qual a sequência derivou).
REFERENCE: 1 (bases 1 a 6231)
AUTHORS: Gueldener,U. and Hegemann,J.H. (Autores do trabalho).
TITLE: A second generation of GFP-vectors for subcelluar localization studies in budding yeast (Título da publicação).
JOURNAL: Unpublished (Jornal de referência para a entrada).
...
FEATURES: Location/Qualifiers (Características da sequência).
source | 1..6231 | |
organism | C-terminal GFP fusion vector pUG35 | |
mol_type | other DNA | |
db_xref | taxon:142955 | |
note | derived from Saccharomyces cerevisiae |
gene | 417..1220 | |
gene | URA3 | |
CDS: | 417..1220 | (Sequência codificante, a parte do gene que codifica para uma proteína) |
gene | URA3 | |
codon_start | 1 | |
transl_table | 11 | |
product | orotidine-5'-phosphate decarboxylase | |
protein_id | AAG34528.1 | |
db_xref | GI:11344889 | |
translation | MSKATYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFEDRKFADIGNTVK
LQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLSTGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDM GGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLRRCGQQN | |
terminator | 2004..2262 | |
note | from CYC1 |
gene | complement(2271..2987) | |
gene | EGFP3 | |
CDS: | complement(2271..2987) | |
gene | EGFP3 | |
codon_start | 1 | |
transl_table | 11 | |
product | enhanced green fluorescent protein 3 | |
protein_id | AAG34529.1 | |
db_xref | GI:11344890 | |
translation | MSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTFGYGVQCFARYPDHMKQHDF
FKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRH NIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHGMDELYK | |
promoter | 3051..3443 | |
note | from MET25 | |
rep_origin | 3882..3954 | (Início da sequência) |
- De seguida, encontra-se a sequência completa do vector pUG35.
Encontrar a sequência nucleotídica da CDS do gene GFP
[editar | editar código-fonte]- Para analisar apenas a sequência que codifica o gene GFP, clique em “CDS” para “EGFP3”.
- Ao fundo, encontra a seguinte sequência:
1 ttatttgtac aattcatcca taccatgggt aataccagca gcagtaacaa attctaacaa 61 gaccatgtgg tctctctttt cgtttggatc tttggataag gcagattgag tggataagta 121 atggttgtct ggtaacaaga ctggaccatc accaattgga gtattttgtt gataatggtc 181 agctaattga acagaaccat cttcaatgtt gtgtctaatt ttgaagttaa ctttgatacc 241 attcttttgt ttgtcagcca tgatgtaaac attgtgagag ttatagttgt attccaattt 301 gtgacctaaa atgttaccat cttctttaaa atcaatacct tttaattcga ttctattaac 361 taaggtatca ccttcaaact tgacttcagc tctggtcttg tagttaccgt catctttgaa 421 aaaaatagtt ctttcttgaa cataaccttc tggcatggca gacttgaaaa agtcatgttg 481 tttcatatga tctgggtatc tagcaaaaca ttgaacacca taaccgaaag tagtgactaa 541 ggttggccat ggaactggca atttaccagt agtacaaata aattttaagg tcaatttacc 601 gtaagtagca tcaccttcac cttcaccgga gacagaaaat ttgtgaccat taacatcacc 661 atctaattca accaaaattg ggacaacacc agtgaataat tcttcacctt tagacat
- As duas cadeias do DNA, denominam-se Watson e Crick:
Watson 5’-ATG…TAA-3’ Crick 3’-TAC…ATT-5’
O DNA é sempre exibido na forma 5'-3' por isso, normalmente, a cadeia Crick é invisível.
No entanto, na sequência obtida para o gene GFP, só vemos a cadeia Crick.
- Nota: A sequência codificante (CDS) deve começar com “atg” (codão start) e acabar com ”taa” (codão stop).
Como pode observar, a sequência apresentada é a da cadeia complementar, de modo que o codão start está na base (cat ⇒ atg) e o codão stop está no topo (tta ⇒ taa).
Construir os primers para amplificar o gene GFP
[editar | editar código-fonte]- Vamos amplificar o gene GFP inteiro, incluindo os codões start e stop (mas nada fora do gene).
- Precisamos de dois primers para o PCR, um primer forward e um primer reverse.
O primer forward liga-se à cadeia Crick e o primer reverse liga-se à cadeia Watson.
- De seguida, apresenta-se a cadeia reverse complement correspondente à sequência Crick obtida anteriormente para o gene EFGP3:
5'- ATGTCTA AAGGTGAAGA ATTATTCACT GGTGTTGTCC CAATTTTGGT TGAATTAGAT GGTGATGTTA ATGGTCACAA ATTTTCTGTC TCCGGTGAAG GTGAAGGTGA TGCTACTTAC GGTAAATTGA CCTTAAAATT TATTTGTACT ACTGGTAAAT TGCCAGTTCC ATGGCCAACC TTAGTCACTA CTTTCGGTTA TGGTGTTCAA TGTTTTGCTA GATACCCAGA TCATATGAAA CAACATGACT TTTTCAAGTC TGCCATGCCA GAAGGTTATG TTCAAGAAAG AACTATTTTT TTCAAAGATG ACGGTAACTA CAAGACCAGA GCTGAAGTCA AGTTTGAAGG TGATACCTTA GTTAATAGAA TCGAATTAAA AGGTATTGAT TTTAAAGAAG ATGGTAACAT TTTAGGTCAC AAATTGGAAT ACAACTATAA CTCTCACAAT GTTTACATCA TGGCTGACAA ACAAAAGAAT GGTATCAAAG TTAACTTCAA AATTAGACAC AACATTGAAG ATGGTTCTGT TCAATTAGCT GACCATTATC AACAAAATAC TCCAATTGGT GATGGTCCAG TCTTGTTACC AGACAACCAT TACTTATCCA CTCAATCTGC CTTATCCAAA GATCCAAACG AAAAGAGAGA CCACATGGTC TTGTTAGAAT TTGTTACTGC TGCTGGTATT ACCCATGGTA TGGATGAATT GTACAAATAA -3'
- Temos, então, toda a informação necessária para desenhar os primers:
Primer Forward: 5' - ATG TCT AAA GGT GAA GAA TTA TTC A - 3'
Primer Reverse: 5' - TTA TTT GTA CAA TTC ATC CAT ACC A - 3'
Explicação:
cadeia molde - 5' - ATG TCT AAA GGT GAA GAA TTA TTC ACT ... CAT GGT ATG GAT GAA TTG TAC AAA TAA - 3'
Primer Reverse ------------------------------------------------------------------ 3' - A CCA TAC CTA CTT AAC ATG TTT ATT - 5'
Primer Forward ---------------- 5' - ATG TCT AAA GGT GAA GAA TTA TTC A - 3'
cadeia molde complementar - 3' - TAC AGA TTT CCA CTT CTT AAT AAG TGA ... GTA CCA TAC CTA CTT AAC ATG TTT ATT - 5'
Propriedades dos primers construídos para amplificar o gene GFP
[editar | editar código-fonte]- Pretende-se que os primers tenham uma Tm (melting temperature) de 49-51 °C.
Utilizando o programa Oligonucleotide properties calulator pode calcular a Tm automaticamente.
Também pode calculá-la manualmente, aplicando as seguintes fórmulas aritméticas: * Para sequências inferiores a 14 nucleótidos: Tm= (wA+xT) * 2 + (yG+zC) * 4 onde w,x,y,z são o número de bases A,T,G,C na sequência, respectivamente. * Para sequências superiores a 13 nucleótidos: Tm= 64.9 +41*(yG+zC-16.4)/(wA+xT+yG+zC) Nota: Ambas as equações assumem que o Emparelhamento ocorre nas condições padrão de 50 nM primer, 50 mM Na+ e pH 7.0.
Propriedades correspondentes aos primers Forward e Reverse, quanto à temperatura média de desnaturação (Tm), ao tamanho da sequência (quantidade de nucleótidos) e à percentagem de guaninas e citosinas (% GC).
[editar | editar código-fonte]Primer | Forward | Reverse |
Tm (Basic) | 49 °C | 49 °C |
Tamanho | 25 nucleótidos | 25 nucleótidos |
Conteúdo GC | 28% | 28% |