O FreeBSD contém uma vasta coleção de ferramentas de sistemas em seu pacote básico. Entretanto é possível realizar apenas algumas tarefas antes de ter que instalar aplicativos adicionais de terceiros para trabalhar de verdade. O FreeBSD disponibiliza duas ferramentas para instalação de softwares de terceiros: a Coleção de Ports do FreeBSD (para a instalação pelo código-fonte) e pacotes (para a instalação dos binários já compilados). A instalação da última versão de sua aplicação preferida pode ser feita através de mídia local (CD, DVD etc.) ou diretamente pela rede.
