Para um sistema operacional ter utilidade é necessário que existam programas que desempenhem atividades específicas. Com o Linux não é diferente. A diferença é que os programas principais - como navegador para Internet e pacote tipo Office -, em geral, já vêm junto com a distribuição, sem a necessidade de instalar aparte, embora seja possível adquirir outros programas para Linux em fontes de terceiros, caso haja necessidades de outros tipos de programas. Em alguns casos, também é possível instalar programas originalmente escritos para Windows por meio de emuladores, mas não são todos os programas que rodam porque alguns demandam certos detalhes técnicos que não podem ser emulados no Linux.
Segue-se aqui uma tabela de programas disponíveis para a plataforma Linux, bem como seus equivalentes proprietários para a plataforma Windows. Todos os programas para Linux aqui apresentados são totalmente livres.