A cidade do Rio de Janeiro no século dezesseis/Primeira metade
No início do século XVI, a região atualmente ocupada pela cidade do Rio de Janeiro era ocupada principalmente pelos índios tupinambás.
A única exceção a esse domínio era a atual Ilha do Governador (chamada pelos indígenas de Paranapuã, que significa "mar redondo", pela junção de paranã, "mar",[1] e apuã, "redondo"[2]) que era ocupada pela etnia indígena rival dos temiminós, também chamados maracajás.
Ambas as etnias eram falantes de tupi e sobreviviam da caça, da pesca, da coleta de frutas e de uma agricultura baseada no cultivo da mandioca. Apesar de compartilharem o mesmo idioma e a mesma cultura, disputavam ferozmente o domínio da região. Aos derrotados nas batalhas entre os dois grupos, era reservado um castigo feroz: ser devorado em uma refeição canibal.
O primeiro registro da passagem de um europeu pela região foi a expedição portuguesa de 1501-1502 comandada por Gaspar de Lemos (algumas fontes creditam a liderança da expedição a André Gonçalves, outras a Nuno Manuel[4]), a qual tinha por objetivo explorar a costa brasileira. O Brasil havia sido descoberto pelos portugueses um ano antes, por Pedro Álvares Cabral. Da expedição de Lemos (ou Gonçalves ou Nuno) fazia parte o piloto florentino Américo Vespúcio, o qual, ao passar pela atual Baía de Guanabara em 1 de janeiro de 1502, nomeou-a como Rio de Janeiro, por acreditar tratar-se da foz de um rio[4]. A expedição não se deteve por muito tempo na região e continuou sua viagem exploratória pelo litoral até o extremo sul do continente.
No ano seguinte, nova expedição exploratória portuguesa chegou à região. Era a expedição de Gonçalo Coelho, a qual, desta vez, se deteve por mais tempo na região e construiu uma feitoria na atual Praia do Flamengo, próximo a uma das duas foz do Rio Carioca, na região conhecida pelos índios tupinambás como Uruçumirim. A feitoria, que era composta por uma casa de pedra, tinha, por objetivo, armazenar os produtos comercializados com os indígenas para, então, embarcá-los com destino a Portugal. Em 1506, Gonçalo Coelho retornou a Portugal.
Em 1515, nova expedição europeia chegou à baía de Guanabara. Desta vez, era uma expedição espanhola, comandada pelo navegador português João Dias de Solis.[5] A expedição, após passar brevemente pela baía, prosseguiu explorando o litoral da América do Sul. Essa expedição viria a descobrir um grande rio no sul do continente, batizado de Rio de Solis e, mais tarde, rebatizado como rio da Prata.
Em 13 de dezembro de 1519, a expedição espanhola comandada pelo português Fernão de Magalhães passou pelo Rio de Janeiro, na primeira viagem de circum-navegação do globo terrestre. Na ocasião, a expedição rebatizou a baía como baía de Santa Luzia.[4]
Em 1530, a expedição portuguesa liderada por Martim Afonso de Souza com a intenção de tomar posse da região do Rio da Prata passou pela Baía de Guanabara, onde se reabasteceu de água e víveres próximo à casa de pedra que havia sido construída por Gonçalo Coelho em 1503. Esse ponto já era conhecido pelos portugueses como Aguada dos Marinheiros, devido à abundância em água potável própria para reabastecer os navios. A expedição prosseguiu em sua viagem até o Rio da Prata, onde, contudo, veio a naufragar. Impossibilitado de colocar os marcos de pedra portugueses e iniciar a colonização do Rio da Prata, Martim Afonso foi obrigado a retornar e fundou a Vila de São Vicente, a primeira vila portuguesa no Brasil, em 1532. Em São Vicente, os colonos portugueses implantaram o cultivo da cana-de-açúcar com mão de obra indígena escrava.